La Universidad Autónoma de Encarnación (UNAE) ha sido incorporada como institución asociada a la Asociación Universitaria Iberoamericana de Postgrado (AUIP), una de las redes académicas más prestigiosas de Iberoamérica, dedicada al fortalecimiento de la formación avanzada, la investigación, la movilidad y la cooperación universitaria.

La distinción fue otorgada por la Honorable Cámara de Diputados del Paraguay.  Destaca la trayectoria en la formación profesional, investigación, calidad y compromiso social desde el interior del Paraguay.

La distinción otorgada por la Secretaría Nacional de Cultura, y entregada a la rectora Dra. Nadia Czeraniuk, pone en valor el alcance de la Libroferia Encarnación como proyecto institucional de alto impacto.

La Universidad Autónoma de Encarnación - UNAE fue distinguida con el Reconocimiento a las Buenas Prácticas de Desarrollo Sostenible, otorgado por el Pacto Global Paraguay, en la categoría Academia, por su contribución al Objetivo de Desarrollo Sostenible (ODS) 3: Salud y Bienestar.

Miembros de la Universidad Autónoma de Encarnación (UNAE), finalizaron con éxito la Cátedra Doctoral Internacional Red CIDIR, edición 2025, una instancia de formación académica organizada por los programas de posgrado de las universidades que integran la Red de Cooperación Interuniversitaria para el Desarrollo e Integración Regional (CIDIR).

Tras el proceso de evaluación de méritos después de dos años de actividad científica, los profesores del Complejo UNAE, Mag. Estelbina Esteche, Mag. Marcelino Venialgo y Mag. Matías Denis, permanecerán como investigadores categorizados en el Sistema Nacional de Investigadores (SISNI) del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología de Paraguay según la resolución Nº 173/2025 y la resolución Nº388/2025.

El Instituto de Formación Docente del Instituto Superior de Educación Divina Esperanza (ISEDE) ha obtenido el Licenciamiento, sello de calidad institucional, consolidándose como una institución modelo en la formación docente del país.

El Dr. Arq. Arnoldo Álvarez, docente de la carrera de Arquitectura de la Facultad de Ciencia, Arte y Tecnología (FACAT) de la Universidad Autónoma de Encarnación (UNAE), ha sido admitido como integrante del Banco de Evaluadores del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT).