El sábado 23 de marzo de 2019, la Universidad Autónoma de Encarnación (UNAE), representada por su rectora Dra. Nadia Czeraniuk, y la Red Social de Derechos Humanos para un Envejecimiento Activo y Saludable (RSDHEAS), representada por su presidente Lic. Mariano Sassano, firmaron un acuerdo de vinculación interinstitucional para la realización de actividades conjuntas en materia de investigación, formación profesional y participación social. 

Estudiante de la Universidad Autónoma de Encarnación, Guadalupe María Elena Rolón Ruíz Díaz del tercer curso de la carrera de Diseño de Modas, ya se encuentra en Madrid España en la Universidad Rey Juan Carlos donde cursará el semestre gracias al programa Erasmus +.

El 30 de noviembre de 2018, en Lviv, Ucrania, se realizó un Histórico Convenio: La alianza para la movilidad e intercambio de estudiantes entre una universidad paraguaya y una universidad ucraniana.

El 29 de noviembre de 2019, se concretó la firma de un acuerdo más de cooperación para la movilidad e intercambio de estudiantes y docentes, entre la Universidad Autónoma de Encarnación y el Colegio Universitario de Lublin, Polonia.

La UNAE, a través de la Facultad de Ciencias Empresariales, ha concretado un acuerdo con el Grupo Luna Nueva, https://goo.gl/qehuP3, ONG dedicada a promover la Prevención y Erradicación de la Explotación Sexual Comercial de niñas, niños y Adolescentes.