El 14 de abril de 2016, se firmó un anexo específico de movilidad de estudiantes al Convenio Marco de Cooperación y Colaboración entre la Escuela Argentina de Negocios y la Universidad Autónoma de Encarnación. Ambas instituciones estuvieron representadas por la rectora de la Fundación Pro Instituto Universitario Escueta Argentina de Negocios, la Mg. Ariana De Vincenzi y la rectora de la Universidad Autónoma de Encarnación, la Dra. Nadia Czeraniuk.

La Universidad Autónoma de Encarnación, y la Corte Suprema de Justicia, firmaron el Memorando de Entendimiento por el cual, en mutua cooperación con el Sistema Nacional de Facilitadores Judiciales, se capacitará a los estudiantes para que actúen como facilitadores judiciales buscando superar el bajo nivel de acceso a la justicia de la población en condición de vulnerabilidad. 

La Universidad Autónoma de Encarnación habilita el innovador programa de MAESTRÍA EN DOCENCIA Y GESTIÓN UNIVERSITARIA en una contribución a la necesidad de elevar la calidad universitaria en la región y país, donde los docentes, académicos, directivos y administradores constituyen una pieza clave. Cuenta con destacados profesionales a nivel nacional y Mercosur.
Aprobado por el CONES.

En la tarde del 23 de febrero de 2016, en la sala de Consejo de la UNAE, se llevó a cabo la firma de un convenio de cooperación interinstitucional y de pasantía entre la Universidad Autónoma de Encarnación, representada por su rectora la Dra. Nadia Czeraniuk de Schaefer y el decano de la Facultad de Ciencias Jurídicas, Humanas y Sociales, el abog. Yonny Flick, y la Coordinadora de Abogados de Itapúa, representada por su presidente, el Abog. Cesar Villanueva, y la secretaria general, la Abog. Ivvone Sigaud.