La Universidad Autónoma de Encarnación habilita el innovador programa de MAESTRÍA EN DOCENCIA Y GESTIÓN UNIVERSITARIA en una contribución a la necesidad de elevar la calidad universitaria en la región y país, donde los docentes, académicos, directivos y administradores constituyen una pieza clave. Cuenta con destacados profesionales a nivel nacional y Mercosur.
Aprobado por el CONES.

En la tarde del 23 de febrero de 2016, en la sala de Consejo de la UNAE, se llevó a cabo la firma de un convenio de cooperación interinstitucional y de pasantía entre la Universidad Autónoma de Encarnación, representada por su rectora la Dra. Nadia Czeraniuk de Schaefer y el decano de la Facultad de Ciencias Jurídicas, Humanas y Sociales, el abog. Yonny Flick, y la Coordinadora de Abogados de Itapúa, representada por su presidente, el Abog. Cesar Villanueva, y la secretaria general, la Abog. Ivvone Sigaud.

En la mañana del 12 de febrero de 2016, en la sala de consejo de la UNAE, se realizó la firma de un convenio marco de cooperación entre la Universidad Autónoma de Encarnación y la Secretaria Nacional de Turismo, representadas ambas instituciones por la Dra. Nada Czeraniuk y la Lic. Carmen Silva, respectivamente.

En la mañana del día 3 de diciembre se firmó el Convenio Marco de Cooperación Técnica entre la Cruz Roja Paraguaya Filial Itapúa y la Universidad Autónoma de Encarnación.
El convenio busca impulsar el desarrollo e implementación de proyectos de extensión universitaria en el departamento de Itapúa.
En representación de la CRP firmó la Esc. Elsa Isabel Jiménez de Ávalos y la UNAE estuvo representada por su rectora la Dra. Nadia Czeraniuk de Schaefer.

El día 24 de octubre, en el Auditorio del Nuevo Campus Urbano de la UNAE, se formalizó una nueva firma de convenio de cooperación internacional entre la Universidad Autónoma de Encarnación y la Universidad Gastón Dachary (Argentina), llevada a cabo en el marco del I ENCUENTRO DE INVESTIGACIÓN DE CIENCIAS JURÍDICAS.